Nació el 23 de enero de 1866, hijo de una modesta familia de labradores con cinco hijos. Su madre murió cuando él era pequeño, por lo que estuvo criado en casa de su hermana mayor. En 1886, con 20 años, marchó a Barcelona, ​​muy posiblemente en busca de las oportunidades laborales generadas al calor de la Exposición Universal de 1888 (en un momento de profunda recesión económica de nuestra ciudad). En Barcelona realizó el servicio militar, destinado como ordenanza en casa del marqués de Alella. Este, cuando se licenció en el ejército, lo recomendó para trabajar en el Ayuntamiento de Barcelona, ​​donde realizó diferentes trabajos subalternos en el Palacio Real de la Ciudadela —hoy sede del Parlamento—, del que fue posteriormente conserje (1899), conservador (1901) y, cuando en él se creó el Museo de Arte y Arqueología, primer conservador de este museo (1903).
La figura de Emilio Gandía está ligada fundamentalmente a las tareas de excavación de la ciudad grecorromana de Ampurias entre 1908 1 1937, que detalló de manera cuidadosa, razonada y precisa en sus Diarios de excavación, la obra magna escrita de Emilio Gandía. En estas campañas de excavación llevó la responsabilidad directa y la dirección efectiva de los trabajos de campo —con el cuaderno en una mano y la paleta en la otra—, bajo la dirección primero de Josep Puig i Cadafalch y, más tarde, de Pedro Bosch Gimpera.
A lo largo del primer tercio del siglo XX, se le encargaron numerosas misiones arqueológicas y trabajos relacionados con el patrimonio cultural de Cataluña, entre las que cabe destacar las campañas de recuperación de las pinturas románicas del Pirineo (1919-19213), con el arranque y traslado al Museo de Barcelona de las pinturas murales (San Clemente y Santa María de Taúll, San Juan de Bohí...); así como su participación en la instalación y adecuación del Museo de Arte de Cataluña y del Museo de Arqueología de Cataluña.
En 1928 participó activamente en la creación del Servicio de Investigaciones Arqueológicas de la Diputación de Valencia, por lo que fue nombrado conservador honorario del Museo de Prehistoria de Valencia.
Fue un personaje muy importante en el nacimiento de la arqueología y museología catalanas —por la magnitud de su tarea realizada y por la incorporación de pautas de modernidad de trabajo que han perdurado muchos años—, pero la importancia de sus colaboradores (Puig y Cadafalch, Folch i Torres, Bosch Gimpera, Almagro, etc.), su procedencia y condición social y su formación autodidacta —sin titulación universitaria— fueron circunstancias que minimizaron la importancia de su obra en el contexto cultural de Cataluña en el primer tercio del siglo XX.
Desde Cataluña, la Asociación Memorial Emilio Gandía está luchando para reivindicar la figura de este setabense —tan desconocido en nuestra ciudad—, infatigable trabajador, metódico y autodidacta. Recientemente, la importancia de su obra ha sido puesta de relieve con la publicación colectiva Emili Gandia i la conservació del patrimoni cultural a la Catalunya del començament del segle xx.