Va nàixer el 23 de gener de 1866, fill d’una modesta família de llauradors amb cinc fills. La seua mare va morir quan ell era menut, fet pel qual va estar criat en casa de la seua germana major. En 1886, amb 20 anys, marxà a Barcelona, molt possiblement a la recerca de les oportunitats laborals generades al calor de l’Exposició Universal de 1888 (en un moment de profunda recessió econòmica de la nostra ciutat). A Barcelona realitzà el servei militar, destinat com a ordenança en casa del marqués d’Alella. Aquest, quan es llicencià a l’exèrcit, el recomanà per treballar a l’Ajuntament de Barcelona, on realitzà diferents treballs subalterns al Palau Reial de la Ciutadella —hui seu del Parlament—, del qual va ser posteriorment conserge (1899), conservador (1901) i, quan en ell es va crear el Museu d’Art i Arqueologia, primer conservador d’aquest museu (1903).
La figura d’Emili Gandia està lligada fonamentalment a les tasques d’excavació de la ciutat grecoromana d’Empúries entre 1908 1 1937, que detallà de manera acurada, raonada i precisa als seus Diaris d’excavació, la obra magna escrita d’Emili Gandia. En aquestes campanyes d’excavació portà la responsabilitat directa i la direcció efectiva dels treballs de camp —amb el quadern en una mà i la paleta a l’altra—, sota la direcció primer de Josep Puig i Cadafalch i, més tard, de Pere Bosch Gimpera.
Al llarg del primer terç del segle xx, se li encarregaren nombroses missions arqueològiques i treballs relacionats amb el patrimoni cultural de Catalunya, entre les quals cal destacar les campanyes de recuperació de les pintures romàniques del Pirineu (1919-19213), amb l’arrencament i trasllat al Museu de Barcelona de les pintures murals (Sant Climent i Santa Maria de Taüll, Sant Joan de Boí…); així com la seua participació en la instal·lació i adequació del Museu d’Art de Catalunya i del Museu d’Arqueologia de Catalunya.
L’any 1928 participà activament en la creació del Servei d’Investigacions Arqueològiques de la Diputació de València, motiu pel qual fou nomenat conservador honorari del Museu de Prehistòria de València.
Va ser un personatge molt important en el naixement de l’arqueologia i museologia catalanes —per la magnitud de la seua tasca realitzada i per la incorporació de pautes de modernitat de treball que han perdurat molts anys—, però la importància dels seus col·laboradors (Puig i Cadafalch, Folch i Torres, Bosch Gimpera, Almagro, etc.), la seua procedència i condició social i la seua formació autodidacta —sense titulació universitària— van ser circumstàncies que minimitzaren la importància de la seua obra dins el context cultural de Catalunya al primer terç del segle xx.
Des de Catalunya, l’Associació Memorial Emili Gandia està lluitant per reivindicar la figura d’aquest xativí —tan desconegut a la nostra ciutat—, infatigable treballador, metòdic i autodidacta. Recentment, la importància de la seua obra ha estat posada de relleu amb la publicació col·lectiva Emili Gandia i la conservació del patrimoni cultural a la Catalunya del començament del segle xx.